ايشان نيز به شهادت كتابهاى نيم سوخته موجود نابود گرديده ، و لكن باز هم متجاوز از 30 اثر از ايشان برجاى مانده كه فهرست آن بر اساس زحمات وتلاشهاى محققين ارجمند وپركار اين مؤسسه به شرح ذيل مىباشد . تأليفات آقا محمد جعفر : 1 - الانسان الكامل فى الاخلاق . 2 - انيس الطلّاب ( 3 جلد ) . 3 - انيس العوام ( 3 جلد ) . 4 - تحفة الابرار « تاريخ » ( 3 جلد ) . 5 - التحفة الجعفرية « كلام » . 6 - التذكرة فى شرح التبصرة « فقه » ( 4 جلد ) . 7 - التكملة فى شرح التبصرة « فقه » ( 10 جلد ) . 8 - الجواهر البهيّة فى ترجمة الاحكام الالهيّة . 9 - حاشيه بر وافية الاصول . 10 - حاشيه شرح باب حادى عشر . 11 - حاشية على شرح العميدى « التهذيب » . 12 - حاشيهء مراح الارواح . 13 - حاشيهء معالم الاصول .